Maratoonari on elokuva siitä miten syöpään sairastuneen perhe kohtaa sairauden. Timo ja Minna ovat pari, joista Minna on intohimoinen juoksija, joka harrastaa maratoneja eripuolilla maailmaa. Timo ei juokse itse, mutta osallistuu harrastukseen matkustamalla mukana huoltojoukoissa. Kesken valmistautumisen Tukholman maratonille Minna löytää rinnastaan pienen kyhmyn, joka muuttaa perheen elämän. Rankat hoidot keskeyttävät harjoitukset ja perheen on opittava elämään syövän kanssa. Timo on tarinan kertoja ja elokuvan ohjaaja, joka kohtaa läheisen ihmisen vakavan sairauden omassa elämässään. Elokuvassa seurataan hoitojen etenemistä ja sitä miten tauti vaikuttaa kahden ihmisen yhteiseen elämään.